Biskup 12 grudnia 1922 został w tajemnicy wyświęcony na biskupa dawlekanowskiego, wikariusza eparchii ufijskiej. Jego chirotonia odbyła się bez wiedzy patriarchy moskiewskiego i całej Rusi Tichona, który następnie uznał jej kanoniczność. Aby móc przyjąć święcenia biskupie, Wiktor Pojarkow rozwiódł się z żoną i złożył, podobnie jak ona, wieczyste śluby mnisze. Przyjął imię zakonne Jan. 27 grudnia tego samego roku nadzwyczajne zebranie duchowieństwa i świeckich eparchii ufijskiej wezwało go do objęcia tymczasowego zarządu eparchii ufijskiej w związku z aresztowaniem biskupa uchtomskiego Andrzeja. Zdecydowano również, że biskup Jan będzie rezydował w Ufie, a każdy z jego czterech biskupów pomocniczych będzie kontrolować inną część eparchii. Hierarcha starał się przeciwdziałać rozwojowi ruchu odnowicielskiemu, przeprowadził również chirotonie biskupie nowych biskupów, którzy mieli zastępować aresztowanych biskupów: Lwa (Czeriepanowa), Ireneusza (Szulmina) i Hieroteusza (Afonina). 20 kwietnia 1923 został aresztowany, jednak zwolniono go już 2 maja na mocy amnestii pierwszomajowej i w związku ze złym stanem zdrowia. W lipcu tego samego roku zatrzymano go po raz kolejny i oskarżono o dyskredytowanie władzy radzieckiej, po czym skazano na dwuletnią zsyłkę do Kraju Narymskiego.