W 1933 został wybrany przewodniczącym komisji rewizyjnej sanockiego oddziału Polskiego Czerwonego Krzyża. Po wybuchu II wojny światowej 1939 i nastaniu okupacji niemieckiej nadal udzielał się jako lekarz w obsadzie sanockiego szpitala.
Jego żoną była, pochodząca z rodziny ziemiańskiej z Wydrnej, Wanda Lucyna, córka Józefa Sękowskiego herbu Prawdzic i Władysławy Janowskiej, (ur. 24 listopada 1865 w Humeńcu, zm. 24 listopada 1948 w Sanoku), działaczka społeczna, m.in. Stowarzyszenia Św. Wincentego à Paulo w SanokuEdward Zając, Organizacje o charakterze gospodarczym, społecznym, kulturalnym i sportowym. Pomiędzy wojnami światowymi 1918–1939, w: Sanok. Dzieje miasta. Praca zbiorowa pod redakcją Feliksa Kiryka, Kraków 1995, s. 608.. Ich synami byli Jerzy (1894–2005) i Stefan (1900–1978), obaj oficerowie Wojska Polskiego. Po przeprowadzce do Sanoka rodzina Pajączkowskich początkowo najmowała mieszkanie na pierwszym piętrze willi dr. Adolfa Bendla przy ulicy Jagiellońskiej (później, po rozbudowie, był to budynek szkolny), po czym zamieszkiwała we własnym domu przy stacji kolejowej Sanok Miasto.
Uchwałą Rady Miejskiej w Sanoku z 1934 został uznany przynależnym do gminy Sanok. 9 lutego 1939 został odznaczony Złotym Krzyżem Zasługi „za zasługi na polu pracy społecznej”..