W lutym 1940 przybył ze Lwowa do rodzinnego domu po żywność i wtedy wraz z bliskimi 20 lutego 1940 został zabrany przez Sowietów, po czym zbiegł z transportu w drodze saniami na stację w Komarnie. Jego krewnych tj. matkę, dziadków i brata Zdzisława deportowano wówczas w głąb ZSRR (w tajdze na rejonie krasnojarskim brat stracił wzrok, a dziadkowie zmarli z wycieńczenia). W kwietniu 1940 aresztowano jego ojca, osadzono w Brygidkach, po czym skazano na karę 25 lat i deportowano do kopalni złota na Kamczatce (po odzyskaniu wolności był sierżantem w armii gen. Andersa, a w 1947 wrócił do Polski).
Po nastaniu okupacji niemieckiej we Lwowie Marcin Drozd opuścił miasto we wrześniu 1941 i zamieszkał w rodzinnym domu w Podhajczykach (od 1940 do tego czasu mieszkała tam ukraińska rodzina Bracio z Bachórzca), podejmując się uprawy ziemi w rodzinnym 20-hektarowym gospodarstwie. W kwietniu 1942 został skierowany do pracy przymusowej w Baudienst we Lwowie i przydzielony do robót na stacji kolejowej w Skniłowie. Stamtąd zbiegł pociągiem i przez Koropuż wrócił do siostry w rodzinnej wsi.