Stefana dei Mori otworzono szkołę dla jezuickich misjonarzy, którzy uczyli się tradycji, obyczajów i języka Etiopii. Poznawali również zasady funkcjonowania tamtejszej religii. W 1554 Nunez Barreto został na polecenie papieża mianowany patriarchą Etiopii. Klaudiusz pozwolił Barreto przybyć na swój dwór, ale po raz kolejny odmówił przejścia na katolicyzm. Barreto wyruszył do Etiopii w 1556, jednak w obawie przed problemami związanymi z misją, zatrzymał się w indyjskim Goa, a do Klaudiusza wysłał biskupa Andrzeja Oviedo. Biskup ten zjawił się w Etiopii w 1557 i przyjęto go tam przyjaźnie, ale cel europejskich starań w dalszym ciągu napotykał opór. Oviedo na początku rozmawiał z abuną Józefem. Później zwołano synod z udziałem lokalnego duchowieństwa i jezuitów. Audytorem synodu był Klaudiusz, który nie wtrącał się do dyskusji. Synod zakończył się na niekorzyść misjonarzy, a biskup Oviedo wyjechał z Etiopii pod koniec 1558 roku. Jezuici uzyskali od cesarza jedynie pozwolenie na prowadzenie misji ewangelizacyjnych na terenie kraju. Klaudiusz nie miał zamiaru zmieniać religii i chronił niezależności swojego państwa. Z drugiej strony nie chciał zrażać do siebie Europejczyków, którym mimo wszystko dużo zawdzięczał.