Został aresztowany przez NKWD w swoim mieszkaniu w lwowskiej dzielnicy Zamarstynów w nocy 13/14 marca 1945. Do maja 1945 był poddawany śledztwu w więzieniu przy ul. Łąckiego we Lwowie, po czym drogą lotniczą został przewieziony do Moskwy i osadzony w więzieniu Łubianka oraz Butyrki. Tam był poddawany śledztwu i nakłaniany do świadczenia przeciw AK na procesie szesnastu. Później został przewieziony drogą kolejową z powrotem do Lwowa, gdzie we wrześniu 1945 wyrokiem sowieckiego sądu wojskowego został skazany na karę 10 lat w obozie pracy. Wówczas skazani na pobyt w łagrze zostali także jego żona Urszula – 6 lat, oraz brat Stanisław – 7 lat. W listopadzie 1945 wszyscy troje zostali wywiezieni na obszar obwodu permskiego (Połowinka). Wykonywał prace w kamieniołomie, później dzięki wsparciu prof. dr. inż. Jana Węgierskiego został pomocnikiem geodety. W 1948 kary Jana i Urszuli Świtalskich zostały skrócone, wskutek czego w sierpniu tego roku mogli wrócić w rodzinne strony (brat pozostał w łagrze).