W październiku 1919 r. został wikariuszem parafii pw. Św. Trójcy w Mikulczycach. Wkrótce miał się tam odbyć plebiscyt wśród ludności dotyczący przynależności Śląska do Polski lub Niemiec. Trwała ostra kampania propagandowa. W tym czasie ks. Szymała został zaprzysiężony jako członek konspiracyjnej Polskiej Organizacji Wojskowej Górnego Śląska, która przygotowywała lokalną ludność do powstania, w razie interwencji armii niemieckiej w związku z niekorzystnym dla Niemiec wynikiem plebiscytu. Ksiądz Jan Szymała wziął czynny udział w akcji plebiscytowej i II powstaniu śląskim, przysparzając swoim zaangażowaniem politycznym wielu kłopotów proboszczowi parafii (księdzu Johannesowi Lebokowi), który był Niemcem.
W maju 1920 roku ks. Szymała został przeniesiony do Opola, gdzie prowadził pracę agitacyjno-propagandową, działając aktywnie w Polskim Komitecie Plebiscytowym. Publikował i kolportował teksty propagandowe i polityczne. Za swoją działalność został odznaczony przez Wojciech Korfantego odznaką honorową „Za dzielność i służbę ojczyźnie”. Otrzymał również list pochwalny ze Stolicy Apostolskiej za szerzenie wiary w zgodzie z Bogiem i tożsamością narodową.