Specjalne metody izolacji DNA Specjalnie modyfikowane metody izolacji są stosowane w przypadkach gdy: próbka zawiera częściowo zdegradowane DNA (np. materiał archeologiczny) próbka zawiera inhibitory substancji stosowanych podczas analizy, zwykle inhibitory PCR takie jak kwasy humusowe z gleby, indygo, hemoglobinę, inne barwniki. próbka pochodzi od mikroorganizmów z grubą ścianą komórkową np. u drożdży Pozachromosomalne DNA jest stosunkowo łatwe do izolacji. Plazmidowe DNA może zostać wyizolowane poprzez lizę, precypitację białek co zatrzymuje DNA chromosomalne w fazie nierozpuszczalnej, odwirowanie w wyniku czego faza wodna zawiera jedynie DNA plazmidowe.
Detekcja DNA Reakcja z difenyloaminą może potwierdzić obecność DNA w próbce po izolacji. Procedura detekcji polega na chemicznej hydrolizie DNA podczas ogrzewania do temperatury powyżej 95°C z dodatkiem kwasu co prowadzi do uwolnienia między innymi cukru - deoksyrybozy który występuje w DNA a nie ma go w RNA. Deoksyroboza reaguje z difenyloaminą dając aldehyd hydroksylewulinowy barwy niebieskiej.