W 2000 bez powodzenia startował w wyborach parlamentarnych. W 2005 zamierzał startować w wyborach na prezydenta Iranu, jednak w ostatniej chwili wycofał swoją kandydaturę, by głosy konserwatywnego elektoratu nie rozłożyły się między kilku kandydatów. W 2009 bez powodzenia kandydował na prezydenta Iranu – uzyskał trzeci wynik, za zwycięzcą Mahmudem Ahmadineżadem i Mir-Hosejnem Musawim, z rezultatem 1,7% głosów (według oficjalnych wyników).
Krytykował antyizraelskie wypowiedzi Mahmuda Ahmadineżada, twierdząc, że nie służą one, ani budowaniu wizerunku Iranu na arenie międzynarodowej, ani wypracowywaniu rozwiązania konfliktu izraelsko-palestyńskiego. Opowiadał się za wdrożeniem w Iranie reform gospodarczych w duchu wolnorynkowym – za prywatyzacją i zachęcaniem zagranicznych inwestorów.
W 2013 po raz trzeci wystartował w wyborach prezydenckich w Iranie. W pierwszej turze zwyciężył w nich Hasan Rouhani, zaś na Rezajego zagłosowało 10,58% wyborców, co stanowiło czwarty rezultat.
W 2016 Mohsen Rezaji wrócił do czynnej służby w Korpusie Strażników Rewolucji Islamskiej.