Zamierzał zrezygnować z dowodzenia formacją natychmiast po zakończeniu wojny iracko-irańskiej, jednak Najwyższy Przywódca Iranu nie przyjął jego prośby o zwolnienie.
W 2006 argentyński sąd wydał międzynarodowy nakaz aresztowania Mohsena Rezajego i sześciu innych urzędników irańskich, oskarżając ich o udział w zorganizowaniu w 1994. W latach 2007–2012 jego nazwisko widniało na liście poszukiwanych Interpolu. Rezaji zaprzeczał, jakoby brał udział w organizacji zamachu.
Działalność polityczna W 1997 Najwyższy Przywódca Iranu Ali Chamenei mianował go sekretarzem Rady Ustalania Właściwego Porządku. W ramach pracy w Radzie kierował komitetem ds. makroekonomii i opracowywał dwudziestoletnią perspektywę rozwoju gospodarczego Iranu, wydaną w 2005. Cztery lata wcześniej, w 2001, ukończył na Uniwersytecie w Teheranie studia doktorskie w zakresie ekonomii. Zaliczany jest do zaufanych współpracowników Najwyższego Przywódcy Alego Chameneiego.