Wobec ponownego urazu więzadeł krzyżowych nominalnego kapitana reprezentacji Davida Pococka jego funkcję powierzono Stephenowi Moore'owi, zaś Hooper i Adam Ashley-Cooper zostali jego zastępcami. Kiedy w drugiej minucie pierwszego spotkania sezonu, z Francją Moore również doznał kontuzji, obowiązki kapitana przejął Hooper. Został tym samym 82. kapitanem „Wallabies” i najmłodszym zawodnikiem pełniącym tę funkcję (22 lata 223 dni) od debiutu w tej roli Kena Catchpole’a w 1961 roku. Jak się później okazało, Moore także uszkodził więzadła krzyżowe, co wykluczyło go z gry do końca sezonu, w którego trakcie funkcję kapitana sprawował dużo młodszy Hooper.
Na przełomie lipca i sierpnia wraz z australijską kadrą wygrał rozgrywki The Rugby Championship, które z uwagi na zbliżający się Puchar Świata, skrócono do jednej tury. W sierpniu Hooper otrzymał powołanie na rozgrywany w Anglii Puchar Świata. Tam Australijczycy dotarli do wielkiego finału, w którym ulegli Nowej Zelandii. W trakcie turnieju wychowanek Manly Roos wystąpił w pięciu meczach, zdobywając jedno przyłożenie.