Po imponujących występach w reprezentacji do lat 20 w 2012 roku otrzymał powołanie do pierwszej reprezentacji na serię czerwcowych testmeczów. Zadebiutował jako zmiennik w rozgrywanym w Newcastle spotkaniu ze Szkocją. W meczu z Nową Zelandią o Bledisloe Cup trafił do pierwszego składu „Wallabies”, w którym zastąpił kontuzjowanego Davida Pococka. W swoim debiutanckim sezonie w kadrze Hooper rozegrał łącznie aż 13 spotkań.
Rok 2013 w drużynie narodowej rozpoczął się od serii spotkań z kombinowanym zespołem British and Irish Lions. Wywodzący się z Sydney zawodnik wystąpił we wszystkich trzech meczach, w tym w dwóch pierwszych w wyjściowym składzie. Kolejna kontuzja Pococka (uszkodzone więzadło krzyżowe) sprawiła, że Hooper wraz z Liamem Gillem przez cały sezon tworzyli w australijskiej reprezentacji niemal nierozłączną parę rwaczy. Wystąpiwszy we wszystkich 15 meczach reprezentacji, kilkakrotnie wybierany był zawodnikiem meczu jak również zostało mu przyznane miano najlepszego zawodnika kończącej rok serii spotkań. Wyrazem uznania był też John Eals Medal, wyróżnienie dla najlepszego australijskiego zawodnika w danym roku.