Jednakże, 18 lipca napastnik wycofał się z obozu przygotowawczego klubu w Szwajcarii, po tym jak zdiagnozowano u niego złośliwy guz jądra. Następnie przeszedł dwie operacje oraz cztery cykle chemioterapii w celu powstrzymania rozprzestrzeniania się choroby. Po pomyślnym zakończeniu leczenia, w styczniu 2023 roku oficjalnie uzyskał zgodę na powrót do pełnych treningów, dołączając do reszty drużyny na ich zimowym zgrupowaniu w Marbelli.
10 stycznia 2023 roku zagrał w swoim pierwszym meczu po prawie ośmiu miesiącach, pojawiając się na ostatnie minuty towarzyskiego spotkania z Fortuną Düsseldorf. Trzy dni później strzelił hat-tricka w ciągu ośmiu minut podczas zwycięstwa 6–0 w meczu towarzyskim przeciwko FC BaselBorussia Dortmund Twitt - X.
22 stycznia Haller pojawił się jako zmiana w drugiej połowie w wygranym 4–3 meczu domowym przeciwko Augsburgowi, w końcu debiutując w barwach Dortmundu. 4 lutego zdobył swoją pierwszą bramkę dla klubu w ligowym meczu, w zwycięstwie 5–1 przeciwko SC Freiburgowi.