W 1954 władze Politechniki Warszawskiej nadały Czesławowi Kanafojskiemu tytuł profesora zwyczajnego, w następnym roku kierowana przez niego Katedra zmieniła nazwę na Katedrę Maszyn Rolniczych. Od 1951 do 1953 i od 1956 do 1960 pełnił funkcję dziekana Wydziału Maszyn i Urządzeń Rolniczych. W 1968 przeszedł na emeryturę.
Zmarł w Warszawie, spoczywa na cmentarzu Wojskowym na Powązkach (kwatera A34-6-6).
Działalność naukowa Od początku pracy zawodowej Czesław Kanafojski był autorem prac dotyczących maszyn i mechanizacji rolnictwa, badał odkształcenia i opór gleby wywoływany przez pracę ciągnika. Będąc docentem Politechniki Lwowskiej zainicjował powstanie pierwszej polskiej stacji doświadczalnej maszyn rolniczych. Prowadząc badania nad ich udoskonalaniem stworzył teorię ruchu pojazdów po nieutwardzonym podłożu, która została zastosowana przez Mieczysława Bekkera podczas projektowania pojazdu poruszającego się po Księżycu. Podsumowaniem wiedzy i dorobku zawodowego jest dwutomowa monografia pt.