Hitlerowcy zajęli Lwów w 1941 i zamknęli uczelnię, Czesław Kanafojski został przez nich zatrudniony na stanowisku kierownika kursów dla traktorzystów, które odbywały się w Dublanach. W marcu 1944 został przeniesiony na adekwatne stanowisko do Podzamcza Chęcińskiego, zaangażował się wówczas nauczanie na konspiracyjnych kursach akademickich, które odbywały się w Kielcach.
Był mężem Janiny z domu Hahn (1898–1988).
Po 1945 Po zakończeniu działań wojennych z powodu zmian terytorialnych nie mógł powrócić do Lwowa, wyjechał do Warszawy, gdzie w sierpniu 1945 stanął na czele Katedry Mechaniki i Maszynoznawstwa Rolniczego Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego. W 1946 uzyskał tytuł profesora nadzwyczajnego, od tego czasu przez trzy równolegle wykładał na stworzonej przez siebie Katedrze Konstrukcji i Budowy Maszyn Rolniczych na połączonych Uniwersytecie i Politechnice Wrocławskiej, tam też wykładał na Wydziale Rolniczym. W 1949 kierowaną przez niego Katedrę Mechaniki i Maszynoznawstwa przekształcono w Instytut Mechanizacji i Elektryfikacji Rolnictwa, który podlegał Ministerstwu Rolnictwa. Dwa lata później na zlecenie władz oświatowych podjął się organizacji na Politechnice Warszawskiej Wydziału Agromechanicznego, który w 1953 zmienił nazwę na Wydział Mechanizacji Rolnictwa, a pięć lat później na Wydział Maszyn i Urządzeń Rolniczych.