Dzięki niemu w obrębie studium powstało laboratorium gleboznawcze, muzeum rolnicze (z własnych funduszy profesora) oraz stacja doświadczalna w Prądniku Czerwonym pod Krakowem (dziś jednej z jego dzielnic).
Wykłady "Pana Franciszka", jak nazywali go studenci, cieszyły się wielkim powodzeniem wśród słuchaczy. Doceniali oni nie tylko szeroką wiedzę teoretyczną popartą doświadczeniem, ale i życzliwość i jasność prezentowanych treści. Obejmowały one zagadnienia uprawy roli i roślin z dużym naciskiem na wiedzę o glebie, jako miejsce pracy rolnika. Szczególnie zainteresowanym osobom poświęcał czas po wykładach, tworząc zręby zespołu swoich uczniów, motywując ich do własnych badań i publikowania. Sam profesor nosił się z zamiarem napisania podręcznika do nauki rolnictwa, który powoli powstawał na podstawie systematycznie spisywanych i opracowywanych wykładów. Nie zdążył jednak tego uczynić.
Przez cały okres pracy na Uniwersytecie dawała się we znaki Czarnomskiemu choroba piersiowa, która co czas jakiś powodowała przerwy w jego pracy. Z czasem się ona nasilała, stając się przyczyną śmierci profesora 15 października 1898 r., zaledwie sześć lat po nominacji na stanowisko w Studium Rolniczym. Został on pochowany na cmentarzu Rakowickim w Krakowie (pas 15 - rząd płn). mały|Grób prof.