By trafiać do jeszcze szerszego grona rolników od połowy lat 80. Czarnomski zaczął publikować, głównie w warszawskiej Gazecie Rolniczej. Zainteresowanie we wszystkich trzech zaborach oraz w Rosji zyskał za sprawą prac: „Wpływ wapna na rolę“ (Gazeta Rolnicza. T. 27. R. 1887. Numery: 44–50) oraz „Wyjałowienie a wyczerpanie roli“ (Gazeta Rolnicza T. 28. R. 1888. Numery: 11–13). Powszechne uznanie dała mu jego wielka praca pt. „Rola, jej pochodzenie, gatunki typowe, nawożenie i uprawa“. Ma ona charakter podręcznika gleboznawstwa i uprawy roli i była drukowana w Gazecie Rolniczej odcinkami przez dwa lata (T. 31. R. 1891. N-ry: 9–19, 15–20, 23–29, 45–51, T.32. R. 1892. N-ry: 17–21 i 25–28).
W 1892 r. Senat Uniwersytetu Jagiellońskiego zaproponował Czarnomskiemu, jako świetnemu rolnikowi praktykowi i teoretykowi, tytuł profesora UJ i objęcie kierownictwa nad Katedrą Rolnictwa (później Katedrą Uprawy Roli i Roślin) w ramach utworzonego dwa lata wcześniej Studium Rolniczego (które po latach rozwinęło się we współczesny Uniwersytet Rolniczy w Krakowie). Czarnomski przyjął propozycje, przeniósł się do Krakowa i mimo coraz słabszego zdrowia z zapałem zajął się dydaktyką, pracą badawczą i organizacyjną.