Służba Po przybyciu do Puli w styczniu 1909 roku, 12 marca okręt został wprowadzony do służby w Austro-Węgierskiej Marynarce Wojennej jako SM U-3. W czasie testów porównawczych okazało się, że okręt ma problemy z zanurzaniem i sterowaniem. By przeciwdziałać tym problemom kilka razy zmieniono kształt i wielkość kiosków, usunięto przednie stery głębokości oraz dodano nieruchomą płetwę rufowąTe same modyfikacje przeprowadzono w siostrzanym okręcie U-3, U-4. Pomiędzy 1910 a 1914 rokiem okręt służył jako jednostka szkolna i odbywał nawet do 10 rejsów miesięcznie.
Na początku wojny U-3 był jednym z czterech sprawnych austro-węgierskich okrętów podwodnych. 22 sierpnia 1914 roku rozpoczął działania rozpoznawcze z bazy na wyspie Brioni, ale został przeniesiony do Kotoru w następnym miesiącu. W kwietniu 1915 roku na okręcie zamontowano szybkostrzelne działo pokładowe kal. 37 mm.