W 1542 papież Paweł III utworzył Kongregację Rzymskiej i Powszechnej Inkwizycji (Świętego Oficjum), która miała być organem centralnym koordynującym działania lokalnych trybunałów inkwizycyjnych we Włoszech. Jej pierwsze interwencje w Księstwie Mediolanu miały miejsce na początku lat 50. XVI wieku. W 1550/51 inkwizytor Cremony Giovanni Battista Chiarini wszczął śledztwo wobec domniemanych sympatyków kalwinizmu w tym mieście, jednak na korzyść podejrzanych interweniował miejscowy podesta oraz senat Księstwa Mediolanu. Pojednawcza postawa inkwizytora wobec senatu spotkała się z ostrą krytyką Kongregacji.
Inkwizytor Mediolanu Melchiorre Crivelli, który od 1544 był biskupem sufraganem archidiecezji mediolańskiej, w 1553 popadł w konflikt z nowym (od 1550) arcybiskupem Gian Angelo Arcimboldim. W rezultacie Kongregacja po raz pierwszy skierowała do Mediolanu swego komisarza, którym został Bonaventura Castiglioni (zm. 1555). Crivelli utracił swoje stanowisko, a w 1558 papież Paweł IV odebrał urząd inkwizytorski dominikanom z konwentu S. Eustorgio i przekazał go w ręce zreformowanych (obserwanckich) dominikanów z konwentu S. Maria delle GrazieTavuzzi, s. 60, 240-241..