5 lipca 1945 eparchia ałmacka została restytuowana. Obejmowała odtąd niemal całe terytorium Kazachskiej SRR z wyjątkiem obwodów siemipałatyńskiego i pietropawłowskiego. Dzięki staraniom arcybiskupa, a następnie metropolity Mikołaja, na jej terenie działalność rozpoczęło lub wznowiło 40 parafii, zaś katedrą stał się sobór św. Mikołaja w Ałmaty. W 1951 do eparchii ałmackiej przyłączono eparchię siemipałatyńską, zaś w 1960 – pietropawłowską. Po tych zmianach liczba parafii w administraturze wzrosła do 85, jednak po nowej kampanii antyreligijnej lat 60. pozostało ich 46. W 1990 liczba parafii eparchii wynosiła 91.
W 1991 eparchia ałmacka i kazachstańska została podzielona na trzy: ałmacką i siemipałatyńską, uralską i gurjewską oraz szymkencką i akmolińską. Po tych zmianach w eparchii ałmackiej pozostało 41 parafii. W latach 90. XX wieku Rosyjski Kościół Prawosławny odzyskał szereg utraconych w poprzednich dziesięcioleciach obiektów sakralnych, wzniósł również kilka nowych soborów katedralnych w najważniejszych miastach Kazachstanu. W 1991 w Ałmaty powstała szkoła duchowna, zaś w 1997 – filia Instytutu Teologicznego św. Tichona w Karagandzie.