W Związku Radzieckim, przed 1944, duchowieństwo eparchii ałmackiej było poddawane prześladowaniom przez władze. Podczas pełnienia urzędu miejscowego biskupa aresztowani zostali biskupi Lew (Czeriepanow) w 1929, German (Weinberg) w 1932, Aleksander (Tołstopiatow) w 1936 i Tichon (Szarapow) w 1937. Po aresztowaniu ostatniego z wymienionych biskupów, razem z całym duchowieństwem pełniącej funkcję soboru cerkwi Wprowadzenia Matki Bożej do Świątyni w Ałmaty, katedra nie została już obsadzona. Cerkiew Wprowadzenia Matki Bożej do Świątyni została w 1937 zamknięta, co oznaczało, że na całym terytorium eparchii nie było już czynnych prawosławnych świątyń. W 1944 władze radzieckie zlikwidowały eparchię i podporządkowały jej terytorium sąsiedniej eparchii taszkenckiej i turkiestańskiej. W tym samym roku jej ordynariusz, biskup Cyryl, zdołał uzyskać zgodę na otwarcie cerkwi Kazańskiej Ikony Matki Bożej w Ałmaty.
W latach 1923–1925 terytorium eparchii było jednym z najsilniejszych centrów ruchu odnowicielskiego. W 1937 jego ostatnie świątynie zostały zlikwidowane na równi z parafiami uznającymi zwierzchnictwo Patriarchatu Moskiewskiego. W Ałmaty działali również grigoriewcy (najpóźniej od 1930 do 1933) i Cerkiew katakumbowa.