Pierwsze organizacje partyzanckie powstały w 1960 roku, zostały jednak rozbite na skutek represji.
W 1963 roku doszło do kolejnego puczu. W jego wyniku władzę objął Enrique Peralta Azurdia. Pod rządami jego następcy, Julio Césara Méndeza Montenegro (wywodzącego się co prawda ze zbliżonej do lewicy Partii Rewolucyjnej, jednak będącego pod rzeczywistym wpływem wojska) doszło do próby liberalizacji systemu politycznego, jednak kampania represjonowania Indian i zwalczania ruchów partyzanckich nie została zaprzestana. Od liberalizacji odstąpiły kolejne wojskowe rządy kontynuowane przez Carlosa Manuela Arana Osario, będącego jednocześnie agentem CIA. Rządy Arana Osario pochłonęły 20 tysięcy ofiarUekert, Brenda (1995). Rivers of Blood: A Comparative Study of Government Massacres. Greenwood Publishing Group. s. 240. .Jim Handy, 'Resurgent Democracy and the Guatemalan Military', Journal of Latin American Studies, Vol. 18, No. 2 (styczeń 1986), s. 393-394.