Zmiany personalne oraz naprawa błędów w funkcjonowaniu znacznie ułatwiły mu rozpoczęcie pracy w okresie powojennym.
1945-1952 W 1945 Sąd nie mógł do końca powrócić do przedwojennej jurysdykcji z dwóch powodów: nieustannego braku pracowników oraz działalności słowackiego Najwyższego Sądu Administracyjnego, który powstał w Bratysławie, kiedy Słowacja była osobnym państwem w czasie II wojny światowej. Podział kompetencji był trudny do określenia, a połączenie obu sądów i przeniesienie ich do Bratysławy (na podstawie Ustawy nr 166/1949 Sb.) było początkiem zawieszenia działalności Sądu, którego komuniści dokonali w 1949.
Sąd administracyjny został opisany w art. 137 konstytucji z 1948, jednak w lutym 1948 wyszło na jaw, że władza nie będzie przestrzegała sądowniczej kontroli organów administracyjnych oraz praw i wolności obywateli. Usuwanie niepożądanych osób w czeskim wymiarze sprawiedliwości przez władze komunistyczne spowodowało unieruchomienie pracy Sądu. Praca zjednoczonego Sądu w Bratysławie miała trwać do 1952, jednak obecnie brakuje jakiegokolwiek orzecznictwa z tamtego okresu. Ustawa Konstytucyjna nr 64/1952 Sb. o sądach i Prokuraturze Generalnej całkowicie zakończyła działalność NSA. Informacja z Konstytucji została usunięta. Dodatkowa Ustawa nr 65/1952 Sb. wprowadziła kolejną zmianę w art.