Ostatecznie w ustawie zasadniczej znalazł się zapis kompromisowy, stwierdzający, że jedynie muzułmanin może zostać głową państwa, zaś szariat jest podstawowym źródłem prawa syryjskiego. Równocześnie zagwarantowano prawa mniejszości religijnych. Kolejne rządy Syrii w pierwszych latach po uzyskaniu niepodległości obawiały się islamu politycznego i wzrostu popularności Braci. W 1950 Bracia, razem z komunistami i baasistami, organizowali w Damaszku antyamerykańskie protestyJ. McHugo, Syria, s. 133.. Przez kilka kolejnych lat ideologia głoszona przez syryjską gałąź Bractwa była bliska socjalizmowi arabskiemu. Następnie organizacja faktycznie wycofała się z polityki. Nie odgrywała żadnej roli w okresie istnienia Zjednoczonej Republiki Arabskiej. Po raz kolejny wzięła udział w wyborach parlamentarnych w 1961J. McHugo, Syria, s. 146..
1963-1970 Po zamachu stanu, jaki 8 marca 1963 zorganizowali syryjski wojskowi związani z partią Baas, Bracia Muzułmańscy znaleźli się w opozycji względem nowego autorytarnego rządu. W sunnickich meczetach w Syrii w kazaniach wzywano do oporu przeciwko baasistom. W 1964 lokalne komórki Braci usiłowały wzniecić powstanie zbrojne w Hamie, które zostało krwawo stłumioneN. van Dam, The Struggle..., s. 20 i 153-154..