Plemiona zasiedlające terytorium panamskie w chwili przybycia Hiszpanów należały do grup Czibcza i Karaibów.
Kolonia hiszpańska thumb|upright|left|Vasco Núñez de Balboa – założyciel pierwszej stałej europejskiej kolonii w Panamie, a zarazem pierwszej na kontynencie amerykańskim Europejczycy po raz pierwszy zobaczyli Centralną Amerykę po 1492 roku. Ostatnie dziesięciolecie XV wieku nie przyniosło jednak intensywnych prób eksploracji tego terenu. Wysiłek w tym kierunku podjął w 1501 roku Rodrigo de Bastidas. Wypływając z Hispanioli dotarł on początkowo do ujścia Magdaleny, a następnie przebadał północny brzeg regionu Darién. Ekspedycja napotkała problemy ze strony tubylców, powrócili więc do Hiszpanii z niezbyt cennymi pamiątkami. Kolejną wyprawę na terytorium Przesmyku Panamskiego podjęli Vasco Núñez de Balboa i Francisco Pizarro. Balboa, który uczestniczył również w ekspedycji Bastidasa, założył pierwszą europejską kolonię na kontynencie amerykańskim. We wrześniu 1513 roku dotarł jako pierwszy europejczyk do wybrzeża Oceanu Spokojnego, nazywanego przez Indian Morzem Południowym. Samodzielność działań Balboi sprowadziła na niego niechęć w Hiszpanii, gdzie postanowiono zastąpić go Pedrem Ariasem de Ávila.