Zakończyła się ona w 1989 roku wraz z inwazją Stanów Zjednoczonych na Panamę.

Okres przedkolumbijski Archeologowie zaliczają przedkolumbijskich mieszkańców Panamy do następujących po sobie kultur: Środkowej Panamy (wczesna w latach od VIII wieku przed naszą erą do I wieku naszej ery, późniejsza do końca V wieku), Conte (VI–VIII wiek), Macaras (IX–X wiek) i Parita (od XI wieku do rozpoczęcia kolonizacji). Ważnym odkryciem archeologicznym było odnalezienie w latach siedemdziesiątych w regionie El Caño ruin kultury Gran Coclé. Znaleziono między innymi pięć kurhanów, stadion do gry w piłkę i (przypuszczalnie) kalendarz. Wiadomo o nich, że trudnili się handlem – wytwarzane przez nich przedmioty znaleziono na przykład w Belize. Na terytorium panamskim dochodziło również do handlu z Indianami z Ameryki Północnej. Prawdopodobnie to właśnie na terytorium Przesmyku Panamskiego doszło do zarażenia ospą przywiezioną z Europy handlarzy państwa Inków, którzy następnie przynieśli wirusy do swojej ojczyzny powodując epidemię.