Przebieg walk na przełomie lat 80. i 90. udowodnił, że nie jest możliwe osiągnięcie przewagi militarnej przez którąkolwiek ze stronNelson Hernández Díaz, El Poder Aéreo en el Conflicto Salvdoreño.. Negocjacje prowadzone z rządem zaowocowały podpisaniem protokołu w Genewie w kwietniu 1990. W maju zaś, po mediacjach Alvaro de Soto, osobistego przedstawiciela Sekretarza Generalnego ONZ, delegacje obu stron podpisały Zgodę z Caracas. W grudniu 1990 FMLN przeprowadził ostatnią ofensywę militarną. Po raz pierwszy doszło do zestrzelenia samolotów za pomocą rakiet ziemia-powietrze. Po ustaleniu się równowagi sił, 31 grudnia 1991 rząd podpisał Zgodę z Nowego Jorku, a 16 stycznia 1992 negocjacje zakończyły się podpisaniem porozumień pokojowych w Chapultepec w Meksyku. Położyły one kres trwającej 12 lat wojnie domowej. Jej skutkiem była śmierć 75 tys. cywilów i ok. 9 tys. zaginionych. Na mocy porozumień pokojowych stworzono Komisję Prawdy pod auspicjami ONZ. Opracowała ona raport zatytułowany „Od szaleństwa do nadziei” („De la Locura a la Esperanza”), w którym opublikowała wyniki śledztwa dotyczącego wydarzeń z lat 1980–1991.Guadalupe de Muñoz, Acuerdos de Paz..