Zastosowania pułapek Chłodzenie jonów Niedoskonałości pułapek i innych urządzeń oraz warunki doświadczeń wymuszają, by prędkości jonów były jak najmniejsze. Zmniejszanie prędkości jonów zwane jest chłodzeniem jonów. Ochłodzone cząstki mogą być uwięzione w znacznie mniejszej objętości, transport jonów między różnymi urządzeniami, często stosowany w eksperymentach, jest znacznie bardziej skuteczny dzięki zmniejszeniu różnic w poprzecznym i wzdłużnym ruchu. Dlatego chłodzenie jonów jest ważną procedurą w technice pułapki.
Pułapka Penninga jest wygodnym miejscem do spowalniania jonów zwanego chłodzeniem jonów. Stosuje się następujące techniki chłodzenia jonów: Gazem buforowym. Pułapka wypełniona jest gazem o niewielkim ciśnieniu i niskiej temperaturze. W wyniku zderzeń szybkich jonów z powolnymi atomami dochodzi do zmniejszenia prędkości jonów. Oporowe. Ruch cząstki jest tłumiony przez zastosowanie zewnętrznego obwodu elektrycznego, dołączonego między elektrody denek lub różne segmenty elektrody pierścienia, tłumiącego indukowany przez jony prąd. Jony indukują także ruch ładunków w elektrodach (tzw. ładunki obrazowe);