Organizacja Na czele trybunału stał inkwizytor z zakonu franciszkanów konwentualnych. W jego skład wchodzili jeszcze wikariusz generalny, dwóch kanclerzy, jeden prokanclerz, dziesięciu doradców teologicznych, sześciu doradców prawnych, dwóch lekarzy, dwóch chirurgów i szereg pomniejszych urzędników. Inkwizytorowi podlegało archidiecezja sieneńska oraz diecezje Massa Marittima, Montalcino, Grosseto, Sovana, Chiusi i Pienza oraz okręg Orbetello, podległy jurysdykcji duchowej opata Tre Fontane. Pod względem politycznym obejmowała nie tylko ziemie Wielkiego Księstwa Toskanii, ale także Księstwo Piombino i Stato dei Presidi. Na prowincji inkwizytora reprezentowali wikariusze rejonowi, których było łącznie dziesięciuDi Simplicio, s. 1423..
Archiwum Trybunał sieneński jest jednym z nielicznych trybunałów rzymskiej inkwizycji, którego archiwum przetrwało do czasów współczesnych i to w stanie w zasadzie nienaruszonym. Po zniesieniu inkwizycji w Toskanii w 1782 archiwa trybunałów zostały przeniesione do archiwów archidiecezjalnych. Jednakże w 1910–1911 ówczesny arcybiskup Sieny Prospero Scaccia przekazał archiwum inkwizycji ze Sieny Kongregacji Świętego Oficjum w Watykanie (obecnej Kongregacji Nauki Wiary). Historycy dowiedzieli się o tym dopiero po otwarciu watykańskiego Archiwum Kongregacji Nauki Wiary (ACDF) w 1998.