W 1687/88 w Sienie doszło do wielkiego procesu grupy podejrzewanych o herezję kwietystycznych mistyków skupionych wokół eremity Antonio Mattei (zm. 1697). Sprawa okazała się tak poważna dla Rzymu, że Kongregacja Świętego Oficjum przysłała nawet do Sieny specjalnego komisarza do wsparcia miejscowego trybunału (został nim wiceinkwizytor Florencji Cesare Pallavicini)Del Col, s. 197 581, 649-650, 673-674; Di Simplicio, s. 1423..
W 1738 wygasła dynastia Medyceuszy i władzę w Toskanii przejęła dynastia habsbursko-lotaryńska. W 1743 wielki książę Toskanii Franciszek I Lotaryński odebrał inkwizycji cenzurę publikacji. Jedenaście lat później doszło do podpisania konkordatu między księciem a Stolicą Apostolską, w wyniku którego ustalono, że w skład trybunału inkwizycyjnego wejdzie trzech świeckich urzędników. Następca Franciszka I, Piotr Leopold Habsburg, dekretem z 5 lipca 1782 ostatecznie rozwiązał toskańskie trybunały inkwizycjiDel Col, s. 733..