Początkowo był zatrudniony w klinice prof. Tadeusza Zwolińskiego (otrzymał stanowisko docenta), a w roku 1962 objął kierownictwo II Kliniki Położnictwa i Chorób Kobiecych, należącej do Państwowego Szpitala Klinicznego PSK nr 2. Klinika, zorganizowana przez Prochorowa na Pomorzanach, liczyła wówczas 114 łóżek. Poza pracą naukową i dydaktyczną Prochorow pełnił funkcję konsultanta wojewódzkiego w zakresie położnictwa i ginekologii oraz przewodniczącego Szczecińskiego Oddziału Polskiego Towarzystwa Ginekologicznego, współtworzył (z Krystyną Wątorską) pierwszą w Szczecinie poradnię ginekologii wieku rozwojowego, był członkiem Polskiego Towarzystwa Ginekologicznego. Przez 6 lat pełnił funkcję prezesa Oddziału Szczecińskiego tego towarzystwa.
Do zespołu pracowników kliniki należeli m.in. Zbigniew Pilawski (przyszły kierownik jednostki), Stanisław Różewicki, Zdzisław Torbé (wprowadzający w Szczecinie nowe wówczas metody radioterapii nowotworów narządu płciowego), Mieczysław Żółtowski (pionier laparoskopii w Szczecinie), Izabella Rzepka‑Górska (późniejszy kierownik kliniki. Niektórzy z pracowników kliniki zostali oddelegowani do pracy poza Szczecinem. Tworzyli i prowadzili nowe oddziały ginekologiczne na terenie województwa.