Na krótko przed wybuchem II wojny światowej dołączył też do lokalnego oddziału dywersji pozafrontowej. thumb|Aleksander Bobkowski na zdjęciu Schabenbecka z 1938 roku
Gdy 2 września 1939, w czasie wojny obronnej 1939 roku, burmistrz Zakopanego Eugeniusz Zaczyński opuścił miasto, Komitet Obywatelski wybrał Schabenbecka na jego następcę. Pozostał na stanowisku także po rozpoczęciu okupacji hitlerowskiej, jednak już 9–10 września 1939 (niektóre źródła twierdzą, że 12 września lub w listopadzie) został aresztowany przez Gestapo, wywieziony do Krzesławic koło Krakowa i rozstrzelany w masowej egzekucji na terenie tamtejszego fortu. Po wojnie jego szczątki zostały odnalezione, ekshumowane i przewiezione na Nowy Cmentarz w Zakopanem.
Posiadał troje dzieci z małżeństwa z Heleną z Panczakiewiczów, z których wszystkie zostały fotografikami. Córki Janina (urodzona w 1911) i Anna (1913) wyemigrowały po wojnie do Kanady. Syn Stefan próbował prowadzić zakład fotograficzny ojca po jego aresztowaniu, jednak on sam także został przez Niemców aresztowany i zesłany do obozu koncentracyjnego Auschwitz, a następnie do obozu koncentracyjnego Oranienburg, gdzie zginął w alianckim nalocie bombowym 15 marca 1945 roku.