Uzasadniał to chęcią uniknięcia aresztowania i wsadzenia do więzienia, które, jak sądził, groziło mu w wypadku nieoficjalnego wyokrętowania. Zdecydował się na skierowanie do portu w Tallinnie, powołując się na to, że skorzystanie z tamtejszej pomocy będzie ułatwione w związku ze znajomościami, które nawiązał w trakcie służby w marynarce rosyjskiej oraz w trakcie wizyt kurtuazyjnych w Tallinnie okresie przedwojennym.
Internowanie 14 września 1939 roku „Orzeł”, płynąc na powierzchni z zapalonymi światłami pozycyjnymi i pod banderą, wpłynął na wody Zatoki Tallińskiej i przed północą stanął w dryfie na redzie portu w Tallinnie. Pilot portowy, który przybył na okręt po wezwaniu aldisem, odmówił zabrania do lekarza niedysponowanego kmdr. Kłoczkowskiego i odpłynął po instrukcje do władz portowych. Około 2 w nocy na okręt przybyła delegacja oficerów estońskich, pod przewodnictwem kmdr. ppor. Mihkela Kõvameesa, która miała ustalić przyczyny wizyty „Orła”. Poinformowano ich, że przyczyną wejścia na wody estońskie jest konieczność udzielenia pomocy medycznej dowódcy „Orła”. Ponieważ Estończycy nie uznali tego za wystarczające uzasadnienie dla udzielenia azylu, kmdr Kłoczkowski poinformował ich również o tym, że okręt ma awarię, która wymaga naprawy (uszkodzona była sprężarka wysokoprężna).