Konflikt z Titą i uwięzienie Andonow-Czento bezskutecznie protestował przeciwko odebraniu republikom jugosłowiańskim prawa do odłączenia się od federacji, jak również przeciwko temu, że w projektowanej konstytucji republiki macedońskiej nie znalazła się sugestia o dążeniu do zjednoczeniu w niej wszystkich ziem macedońskich. Chociaż Andonow-Czento był przewodniczącym ASNOM, w praktyce mógł podejmować jedynie decyzje aprobowane przez władze w Belgradzie. Z dezaprobatą władz Jugosławii spotkała się m.in. jego decyzja o wspieraniu autokefalizacji Cerkwi prawosławnej w Macedonii, dotąd części Serbskiego Kościoła Prawosławnego. Według Tity i jego współpracowników oddzielenie się Kościoła Macedońskiego naruszało zasadę braterskiej współpracy narodów Jugosławii.
Andonow-Czento wystąpił z otwartą krytyką władz komunistycznych w Belgradzie oraz rozpoczętych przez nie represji wobec Macedończyków o poglądach probułgarskich lub domagających się (jak sam Andonow-Czento) walki o zjednoczenie całej Macedonii w jednym państwie. 14 lipca 1946 został aresztowany i oskarżony o szowinizm narodowy, separatyzm macedoński, przestępstwa przeciwko państwu i narodowi.