Uroczystości ślubne wraz z mszą w obrządku ewangelickim, którą koncelebrował Marcin Luter (a obecny był również inny reformator Jan Bugenhagen), odbyły się na zamku w Torgau.
Przejściowo w latach 1539–1541 do współrządów w księstwie saskim Jan Fryderyk dopuścił swojego przyrodniego brata Jana Ernesta, ale oddawszy mu w podziale z listopada 1541 władzę nad Koburgiem i włości we Frankonii, ponownie stał się samodzielnym władcą księstwa saskiego. Kanclerz Gregor Brück, który przez wiele lat roztropnie kierował polityką zagraniczną państwa, był nadal jego doradcą, ale otwarta i impulsywna natura księcia często powodowała odrzucanie propozycji tego doświadczonego polityka, co często wikłało kraj w niebezpieczne sytuacje, tym bardziej, że Janowi Fryderykowi brakowało przezorności.