Swym zachowaniem zapewnił sobie trwałą niełaskę cesarską. thumb|left|Medal wybity z okazji 32 urodzin Jana Fryderyka (1535), Muzeum Narodowe w Warszawie W 1532 roku został, po śmierci ojca, elektorem i aktywnym przywódcą związku szmalkaldzkiego, a w 1535 zawarł sojusz z władcami Pomorza Zachodniego, którzy rok wcześniej zdecydowali na sejmie w Trzebiatowie przyjąć luteranizm jako religię państwową (jego wizerunek, obok innych książąt saskich i pomorskich, widnieje na programowym gobelinie niemieckiej reformacji, pełniącym jednocześnie funkcję portretu rodzinnego obu dynastii, tzw. oponie Croya). Dla ugruntowania tego sojuszu w roku 1536 wydał swą przyrodnią siostrę Marię za księcia pomorskiego Filipa I (ślub w Torgau; ich narodzony w 1542 roku syn otrzymał po nim imię Jan FryderykRoderich Schmidt, Bildnisse pommerscher Herzöge des 15. bis 17. Jahrhundert, [w:] Roderich Schmidt, Das historische Pommern. Personen — Orte — Ereignisse, Wien–Köln–Weimar 2009, s. 206.).