Gorzej układały się stosunki między patriarchą a metropolitą wołoskim Kalinikiem, którego Joachim surowo krytykował za wprowadzenie w Rumuńskim Kościele Prawosławnym kalendarza gregoriańskiego, zgodę na chrześcijańskie pogrzeby samobójców i chrzest przez polanie wodą.
Po odejściu Joachima z urzędu dyplomacja rosyjska starała się doprowadzić do jego powrotu. Miał również wielu zwolenników wśród wiernych greckich. Były patriarcha kilkakrotnie podróżował na Bliski Wschód, by osiąść na Athosie, w skicie należącym do Wielkiej Ławry, jedynie w 1893 pielgrzymował do Grottaferrata. Nadal utrzymywał kontakty z Rosjanami. Występował jako rozjemca w sporach między mnichami athoskimi, w tym między mnichami greckimi a coraz liczniejszymi Rosjanami.
W 1901 Joachim III po raz drugi objął urząd patriarchy konstantynopolitańskiego. Zreorganizował Kościół, dążąc do odbudowy jego prestiżu. Nadal utrzymywał dobre relacje z Rosyjskim Kościołem Prawosławnym, naprawił również trudne w poprzednich latach stosunki z Patriarchatem Antiocheńskim. W okresie sprawowania przez niego urzędu doszło natomiast do konfliktu z Patriarchatem Aleksandryjskim na tle obsady arcybiskupstwa Cypru.