W 1882 w Smyrnie założył bractwo, którego zadaniem było szerzenie znajomości języka greckiego i wiedzy o Grecji wśród tych Greków Azji Mniejszej, wśród których znajomość ta zanikła.
Joachim bronił przywilejów Patriarchatu Konstantynopolitańskiego nadanych bezpośrednio po podboju Bizancjum przez Turków osmańskich, m.in. rozstrzygania sporów między chrześcijanami w sądach Patriarchatu. W 1880 władze osmańskie zdecydowały, że sprawy takie przejdą w jurysdykcję sądów osmańskich, one również miały potwierdzać testamenty chrześcijan. Protesty Joachima w obu sprawach zostały zignorowane. Patriarcha domagał się również niezmieniania zasady, według której biskupi prawosławni w sprawach cywilnych mieli być sądzeni przez niego samego, a nie przez sądy państwowe. Kiedy także w tej sprawie poniósł klęskę, 9 grudnia 1883 zrzekł się urzędu. Jako patriarcha Joachim utrzymywał dobre relacje z Rosyjskim Kościołem Prawosławnym, w okresie sprawowania przez niego urzędu Patriarchat Konstantynopolitański otworzył w Moskwie placówkę filialną przy cerkwi św. Sergiusza. Joachim bezskutecznie starał się również naprawić relacje prawosławnych Greków i Bułgarów i rozwiązać konflikt związany z powstaniem Egzarchatu Bułgarskiego. Taka postawa sprawiła, że był krytykowany przez rządy Grecji, zwłaszcza przez premiera Charilaosa Trikupisa.