W październiku 1951 jako studentka pierwszego roku UMCS w Lublinie została zatrzymana pod zarzutami udziału w konspiracyjnej, antystalinowskiej organizacji studenckiej przez funkcjonariuszy Urzędu Bezpieczeństwa Publicznego w Lublinie przy ul. Chopina, kierowanego wówczas przez prominentnego funkcjonariusza aparatu bezpieczeństwa Mikołaja Krupskiego, późniejszego generała brygady MO. Spędziła trzy miesiące, w tym Boże Narodzenie 1951 w niewielkiej, ciemnej, lodowatej celi z kamienną podłogą, znajdującej się w piwnicach tamtejszego urzędu. Siedziała w jednej celi z wnuczką Leona Wyczółkowskiego i panią Józefą z Chełmszczyzny, którą uwięziono za kontakty z grupą „Ognia”. Lepiła kulki z chleba i robiła z nich różańce, aby dodać otuchy sobie i koleżankom. Była wielokrotnie bita i przesłuchiwana przez funkcjonariuszy. Wybito jej zęby, złamano trzy żebra i uszkodzono kręgosłup. Rodzinie nie przekazano żadnych informacji na jej temat. Ojczym, Witold Augustyński podejmował bezskuteczne próby ustalenia miejsca jej pobytu, interweniując w organach bezpieczeństwa państwa zarówno w Lublinie, jak i MBP w Warszawie. W tym okresie jego stryj, Zygmunt Augustyński, skazany w pokazowym procesie odsiadywał we Wronkach karę 15 lat więzienia. 4 grudnia 1951 matka przekonana, że Barbara nie żyje zamówiła mszę św. za spokój jej duszy.