Prototyp łącznie przebywał w powietrzu około 250 godzin, zanim został wpisany do rejestru.
Po ewaluacji samolotu, warsztaty lotnicze Armii, Engineering Division, zwróciły się do Thomas-Morse z kilkoma sugestiami, które miały poprawić osiągi i cechy pilotażowe samolotu. Zasugerowano między innymi, aby skrócić kadłub o dwie stopy i dziewięć cali (ok. 83 cm), zmienić urządzenie sterowe typu Deperdussin (przypominające nieco dzisiejszy wolant) na zwykły drążek sterowy), zmniejszyć powierzchnie płaszczyzn sterowych i wprowadzić stalowe krawędzie natarcia na skrzydłach, zmienić oprzyrządowanie kokpitu i wzmocnić konstrukcję płozy ogonowej.
Po wprowadzonych zmianach, samolot otrzymał oznaczenia S-4B, 3 października 1917 zamówiono 100 samolotów (numery seryjne Armii 4276/75). Było to wówczas największe zamówienia złożone w Thomas-Morse Aircraft, poprzedni największy kontrakt opiewał na 25 samolotów Thomas Brothers T-2 zamówionych przez Wielką Brytanię.
Drugi prototyp, z już wprowadzonymi zmianami, został oblatany w listopadzie, ale 21 grudnia został całkowicie rozbity przy lądowaniu w Cornell University, za jego sterami siedział wówczas Tex Marshall.