Zieleńczykowie trafili tymczasem na Pawiak. 27 lub 28 sierpnia 1943 w ruinach getta warszawskiego Niemcy rozstrzelali ponad 90 więźniów Pawiaka podejrzewanych o żydowskie pochodzenie, w tym żonę oraz obie aresztowane córki Adama Zieleńczyka. On sam prawdopodobnie również zginął w tej egzekucji, co nie zostało jednak jednoznacznie potwierdzone. Jego grób symboliczny znajduje się na cmentarzu ewangelicko-reformowanym przy ul. Żytniej 42 w Warszawie (kwatera 15-3-4)śp. Maria Turlejska. mały|Grób symboliczny na cmentarzu ewangelicko-reformowanym w Warszawie
Przyczyny aresztowania Zieleńczyków nie zostały dotąd wyjaśnione. W starszych publikacjach bywało ono wiązane z działalnością Wandy Zieleńczyk w szeregach komunistycznego ruchu oporu. Wskazywano przy tym, iż zatrzymanie Zieleńczyków zbiegło się z falą aresztowań w środowisku warszawskich działaczy PPR, do której doszło po zamachu bojowców Gwardii Ludowej na kolumnę SA w Al. Ujazdowskich. Z drugiej strony okoliczności stracenia Zieleńczyków mogą jednak wskazywać, iż zostali oni aresztowani z powodu swoich żydowskich korzeni.