Od 1920 pracował na stanowisku docenta w katedrze historii filozofii w Wolnej Wszechnicy Polskiej (WWP). W 1929 roku uzyskał tytuł profesora nadzwyczajnego. W tym samym roku, po śmierci Ignacego Myślickiego, objął także stanowisko kierownika katedry historii filozofii w WWP, które piastował do 1939 roku. Ponadto w latach 1937–1939 prowadził wykłady w zamiejscowym oddziale WWP w Łodzi.
Przez pewien czas pracował również jako urzędnik. W latach 1917–1920 pełnił funkcję zastępcy inspektora szkolnego miasta stołecznego Warszawy. Przez kolejnych trzynaście lat był zatrudniony w departamencie szkół wyższych Ministerstwa Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego – początkowo na stanowisku starszego referenta (1920–1927), później radcy (1927–1933).
Po utworzeniu przez Niemców żydowskiego getta w Warszawie (1940) Zieleńczykowie nie podporządkowali się zarządzeniom okupanta i pozostali po „aryjskiej stronie”. W latach 1940–1943 prof. Zieleńczyk uczestniczył w akcji tajnego nauczania. 21 lipca 1943 został aresztowany wraz z żoną oraz córkami Wandą i Jadwigą w mieszkaniu przy ul. Koszykowej 55. W lokalu tym gestapo urządziło następnie „kocioł”, w którym zatrzymani zostali, między innymi, Alina Przerwa-Tetmajer i Maria Jaszczukowa (działaczki PPR) oraz Tadeusz Prus-Faszczewski (poeta, dziennikarz).