Jednocześnie uchwalono ustawę, która zakazywała prezydentowi odwołania członka rządu, bez zgody Senatu. Mimo to, Johnson zdymisjonował sekretarza wojny Edwina Stantona (5 sierpnia) i powołał na jego miejsce Ulyssesa Granta. Jednak w styczniu 1868 Grant zrezygnował, twierdząc że prezydent chce go wciągnąć w rozgrywki polityczne. Wobec tego, 21 lutego Johnson powołał na to stanowisko generała Lorenza Thomasa. Taka sytuacja spowodowała, że Republikanie złożyli w Izbie Reprezentantów wniosek o impeachment, za zdradę stanu, który został przegłosowany po dwudniowej debacie, stosunkiem głosów 126:47. Przewodniczącym trybunału sędziowskiego został prezes Sądu Najwyższego Salmon Chase, a sprawa trafiła pod rozpatrywanie do Senatu, który musiał przegłosować wniosek większością 2/3, by uznać Johnsona winnym. W czasie procesu prezydent chciał się bronić osobiście, lecz stanowczo odradzali mu to jego doradcy. W zamian, często spotykał się z dziennikarzami w Białym Domu, co zapoczątkowało praktykę konferencji prasowych późniejszych polityków. Kiedy proces zbliżał się do końca, 30 spośród 54 senatorów opowiadało się za uznaniem winy prezydenta. Dwunastu popierało Johnsona, a pozostali byli niezdecydowani. W ostatniej chwili pięciu niezdecydowanych zdecydowało się poprzeć wniosek oskarżenia, zatem do przegłosowania brakowało jednego głosu.