Lincoln uważał, że dobrze będzie mieć w gabinecie południowca i demokratę, dlatego też wysunął kandydaturę Johnsona. Po zwycięskich wyborach, pełnił rolę wiceprezydenta przez 41 dni, gdyż 15 kwietnia 1865, w wyniku zamachu, zmarł prezydent Lincoln.
Prezydentura
Tuż po objęciu urzędu Johnson oświadczył, że będzie kontynuował politykę swojego poprzednika i nie zmieni składu rządu. 1 maja powołał sąd wojskowy, który miał sądzić zamachowców, a dzień później – wyznaczył nagrodę za aresztowanie prezydenta Konfederacji, Jeffersona Davisa. Pod koniec miesiąca zaczął stopniowo znosić restrykcje wobec stanów południowych i ogłaszając amnestię dla buntowników. Takie działanie nie podobało się radykalnemu skrzydłu republikanów, przez co w Kongresie utworzyła się silna opozycja wobec prezydenta. Sytuację Johnsona pogorszyło jego weto (później odrzucone) wobec XIV poprawki do Konstytucji. Po wyborach do Kongresu w 1866, umocnieni radykalni republikanie, wysunęli propozycje wojskowej okupacji Południa, pozbawienia białych mieszkańców praw obywatelskich i całkowite uwolnienie czarnoskórych niewolników. 2 marca 1867 radykałowie przegłosowali ustawę, wprowadzającą stan wojenny na terenach Konfederacji, zawierającą klauzulę pozbawiającą Johnsona stanowiska naczelnego dowódcy sił zbrojnych.