XVII–XIX w. W 1643 monaster odwiedził patriarcha moskiewski i całej Rusi Józef, dziesięć lat później jego następca Nikon. W 1690 w klasztorze zatrzymał się podróżujący do Pustelni Floriszczewskiej car Fiodor I. W 1687 w monasterze żyło 24 mnichów, diakon (biały duchowny) oraz ośmioro chórzystów, z czego szóstka chłopskich dzieci. W 1702 mnichów był 22. W XIX w. liczba mnichów i posłuszników wahała się od 20 do 40 osób, dodatkowo przebywało w nim ok. 20 uczniów szkoły przyklasztornej.
W 1687 na mocy wspólnej gramoty carów Iwana i Piotra monaster w Bogolubowie został jedną z rezydencji patriarchy moskiewskiego i całej Rusi. Pozostawał nią do 1753, gdy ponownie podporządkowano go eparchii włodzimierskiej i suzdalskiej, na terenie której był położony. Od 1799 jego przełożonym był mnich noszący godność archimandryty, a od 1882 – jeden z biskupów pomocniczych tejże eparchii. W latach 1751–1758 w kompleksie klasztornym wzniesiony został sobór Narodzenia Matki Bożej, powstały na miejscu pierwszej, XII-wiecznej cerkwi zbudowanej na polecenie Andrzeja Bogolubskiego, która w 1722 zawaliła się. Nowy budynek sakralny był w znacznej mierze kopią poprzedniego;