W drugiej połowie lat trzydziestych oboje uczestniczyli w akcji wygłaszania tajnych wykładów, organizowanych przez Uniwersytet Poznański dla Polaków w Prusach WschodnichTaż, Poznań – Olsztyn przed 25 laty, „Warmia i Mazury” (Elbląg – Olsztyn – Ełk), kwiecień 1961, nr 4 (121), s. 10–11.. W czasie okupacji niemieckiej została wysiedlona z dziećmi do Krakowa, gdzie ukrywał się, poszukiwany przez Gestapo, jej mąż Zygmunt. Uczestniczyła z nim w działalności wielkopolskiej organizacji konspiracyjnej „Ojczyzna” (kryptonim „Omega”).
W czasie wojny zaginęła część jej dorobku naukowego – przygotowany do druku poznański tom Monumenta Posnaniae Typographica, monografia katedry we Fromborku, oddana do druku w Poznaniu w sierpniu 1939 i będąca na ukończeniu Mapa Województwa Poznańskiego z okresu Sejmu CzteroletniegoPor. Marja Wojciechowska, Sprawozdanie z prac nad mapą woj. poznańskiego w dobie Sejmu czteroletniego, Poznań 1934, ss. 16 (odbitka ze Sprawozdań Poznańskiego Tow. Przyjaciół Nauk, 1933, nr 3, s. 75–88)Maria Wojciechowska, Leon Siuchniński, Plan m. Poznania z czasów Sejmu Czteroletniego, „Kronika Miasta Poznania” (Poznań), t. 14: 1936, nr 4, s. 571–584..