20 września 1957, na mocy uchwały, jednostkę podporządkowano Ministerstwu Budownictwa i Przemysłu Materiałów Budowlanych oraz zmieniono jej nazwę na Biuro Projektów Inżynieryjno-Komunikacyjnych „Metroprojekt”. W 1958 biuro wykonało projekt wstępny metra płytkiego oparty na zatwierdzonych założeniach i z uwzględnieniem zaktualizowanych założeń urbanistycznych. W latach 1960–1963 wykonano kolejne opracowania uzupełniające oraz założenia generalne I linii metra płytkiego, które w październiku 1964 zostały zatwierdzone przez Prezydium Rady Narodowej m.st. Warszawy. W maju 1965 biuro przemianowano na Warszawskie Biuro Projektów Budownictwa Przemysłowego i Specjalnego „Metroprojekt”. W okresie od 1966 do 1970 zaprojektowano konstrukcje zabezpieczające przejścia tuneli metra pod tunelami kolejowej linii średnicowej. Od stycznia 1969, po podporządkowaniu władzom Warszawy, biuro nosiło nazwę Biuro Projektów Budownictwa Komunalnego i Specjalnego „Metroprojekt”.