Ujazdowskich (obecnie Gmach Kancelarii Prezesa Rady Ministrów).
Pierwszym zadaniem biura było opracowanie projektu metra głębokiego dla Warszawy. Pod koniec 1951 zlikwidowano Zarząd Budowy Metra, a w jego miejsce powołano Zjednoczenie Budownictwa Przemysłowego „Metrobudowa”. Metroprojekt został do niego wcielony jako odrębna jednostka, a statutowo dyrektor Metroprojektu był zastępcą dyrektora Metrobudowy. Wraz z postępem budowy i prac projektowych Metroprojekt zwiększył zatrudnienie do 700 osób, a wiosną 1953 organ przeniósł się wraz z Metrobudową do budynku przy ul. Marszałkowskiej 77/79. 29 października 1953 rząd swą uchwałą wstrzymał budowę kolei podziemnej na dwa lata, a biuro przeorganizowało się na projektowanie budownictwa komunalnego i socjalnego. Nastąpiła trzykrotna redukcja zatrudnienia, ale utrzymana została kadra specjalizująca się w projektach metra.
Jesienią 1954 Metroprojekt otrzymał zadanie analizy możliwości poprowadzenia linii metra na mniejszej głębokości, niż dotychczasowy projekt metra głębokiego. Szkicowe opracowanie z 1956 przewidywało spłycenie linii na całej trasie oraz jej wydłużenie do relacji Młociny – Służewiec.