Po odzyskaniu niepodległości przez Polskę i zajęciu Lidy przez polskie wojska, świątynia została podczas celebrowanego w niej prawosławnego nabożeństwa we Wtorek Paschalny 1919 r. sprofanowana przez rzymskich katolików (zniszczono ikonostas, powyrzucano ikony); w czasie tej akcji zamordowano wieloletniego – od 1866 r. – opiekuna cerkwi, prawosławnego proboszcza ks. Josifa Kojałowicza. Obiekt następnie zrewindykowano na rzecz Kościoła katolickiego i zwrócono w 1926 zakonowi pijarów. W 1928 wykonano remont według projektu Józefa Zdanowicza. W 1938 na fasadzie umieszczono brązową tablicę ku czci Ludwika Narbutta, uczęszczającego do szkoły pijarów w Lidzie. Kościół przetrwał II wojnę światową bez zniszczeń i funkcjonował do 1945, gdy aresztowano ostatniego proboszcza Klemensa Mariana Czabanowskiego, zesłanego następnie do łagru.