W 1831 trzeba było rozebrać i odbudować wadliwie wzniesiony portyk, a w latach 1836–1837 rektor Jozofat Wojszwiłło musiał przeprowadzić gruntowny remont kościoła. W 1838 wyremontowano dwuskrzydłowy klasztor. W latach 1831–1832 wzniesiono ogrodzenie. Na północ od kościoła wznosiła się szkoła, a do brzegu rzeki rozciągał się ogród i sad.
W dniu 23 sierpnia 1842 pożar strawił dach i kopułę kościoła oraz zabudowania gospodarcze. Spłonęło także całe wyposażenie kościoła wraz z organami, ołtarzami i amboną. Spłonęła także biblioteka klasztorna licząca 1787 tomów.
Rosyjskie władze zaborcze nie zgodziły się na odbudowę i w 1843 gubernator grodzieński wydał polecenie przekazania kościoła na cerkiew, a przyległego skrzydła klasztoru na plebanię prawosławną. Z adaptacją na cerkiew zwlekano i do prac przystąpiono dopiero około 1855. Wyburzono przy okazji główne wschodnie skrzydło klasztoru pijarów, rozbudowując jednocześnie skrzydło północne. Odbudowano kopułę kościoła w poprzednim kształcie oraz wzniesiono nową dzwonnicę. Do 1919 świątynia funkcjonowała jako cerkiew pod wezwaniem św. Michała Archanioła.