Niedługo dołączyła Columbia i załogi obu statków zimowały na brzegach wąskiej cieśniny okalającej przylegającą do Vancouver wyspę Nootka. Były też świadkami tzw. kryzysu w cieśninie Nootka, do którego doszło latem 1789 roku. Oto w maju tego roku w okolicy pojawiły się okręty hiszpańskie, którymi dowodził Esteban José Martínez; zadaniem Martíneza było założenie osady i włączenie tych ziem do korony hiszpańskiej. Jednak wkrótce zjawiło się kilka jednostek brytyjskich i rychło doszło do konfliktu, który omal nie doprowadził do wojny między obu krajami. Martínez zagarnął kilka jednostek brytyjskich, natomiast statki amerykańskie zostawił w spokoju (zatrzymał jedynie przybyły później Fair American), a jesienią kryzys został zażegnany podpisaniem wstępnego porozumienia stron. thumb|left|Załoga Graya w walce z Indianami Prowadząc handel wymienny wzdłuż dzisiejszej Kolumbii Brytyjskiej i stanów Waszyngton, Oregon i Kalifornia, obaj amerykańscy podróżnicy przebadali dokładnie wody przybrzeżne. W roku 1788 Gray spotkał się z angielskim kapitanem Johnem Maeresem, który, na opublikowanych po powrocie do Anglii mapach, przedstawił m.in. wyimaginowaną podróż Graya po wodach nieistniejącego morza.